Famoso es el juicio por luteranismo, en la segunda mitad del siglo XVI, seguido contra Agustín Boacio, comerciante y tendero originario de Génova. La denuncia comenzó con un informe sobre ciertas observaciones que Boacio había hecho en público; entre las que destacaban que no existían bases en las Escrituras para el concepto del purgatorio, que tampoco existían dos almas idénticas, por lo que resultaba imposible para un alma heredar las culpas de otra –cuestionaba el pecado original. Aparte de los testigos, lo que terminó de llevar a Boacio a un proceso que duraría más de dos años fue un libro, escrito en toscano, que leía constantemente. Cuando comenzaron los interrogatorios de la Inquisición, “afirmó que tenía 28 años de edad y que había nacido en Génova, de padres cristianos. Se había marchado de ésta ciudad a España (...), y en Cádiz contrajo nupcias (...). Había llegado a Nueva España un año antes (...). El interrogatorio reveló que el libro herético (...) era una obra sobre Savonarola. Boacio declaró que había comprado el libro a un marino moro porque estaba escrito en toscano, el dialecto nativo de Génova. El acusado había leído el libro (...) y dijo que no encontró nada malo en éste”.
Cuando a Boacio se le preguntó si había llegado a discutir “sus” ideas con personas residenciadas en Zacatecas nombró a varios amigos. También llegó a describir los temas de conversación: “La confesión debería ser un contacto mental, personal, entre el individuo y Dios; negación de la existencia del purgatorio; el papa no tenía poder para excomulgar o para absolver a los que pecaban; la invocación a los santos es una provocación teológica insostenible”. Boacio fue impelido a la abjuración, que realizó.

Que la Inquisición ha intervenido en el desarrollo de la producción libresca es evidente. Bastaría para probarlo citar uno de los mecanismos de control típicamente inquisitorial: el Índice. Para el arte novohispano este producto de control es de suma importancia, pues, contrario a lo que se piensa, los Índices inquisitoriales no fueron absolutamente literarios. Comportaban obras religiosas, que contenían, como es de suponer, estampas. El primer Índice en castellano, el de 1551, no tiene ninguna pertinencia literaria: cuenta con la reproducción del Índice del año anterior –el de Lovaina, escrito en latín- y de la bula Extravagans, de Julio II, sobre la posesión y lectura de libros prohibidos, y contiene un catálogo de libros recientemente aprobado por los inquisidores de Toledo.
Las obras que comenzaron a formar parte de estos catálogos fueron, por ejemplo, Diálogo de doctrina christiana de Juan de Valdés, Diálogo de Mercurio y Carón de Alfonso de Valdés, Coloquios de Erasmo, El confessionario o manera de confessar de Erasmo, Tratado de libertad cristiana de Lutero, Comentarios al Génesis, La Revelación de San Pablo, La Biblia en romance.
Los Índices son guías en un proceso ininterrumpido de censura. Los períodos de publicación de los Índices inquisitoriales españoles entre 1551 y 1790, primero y último, oscilan entre ocho y cuarenta y siete años. Pero la actividad del Índice es permanente, por lo que a veces llegaron a publicarse suplementos. En total se han publicado once Índices inquisitoriales españoles, conocidos por los nombres de los inquisidores generales bajo cuyo gobierno se promulgaron, permitiendo afirmaciones como la de Marquez, quien sostiene que “los períodos históricos responden no a modas estilísticas, sino al tipo de ideología predominante que la Inquisición persigue en un momento determinado”, por lo que “la Inquisición adquiere así una unidad histórica intelegible, como organismo invariablemente represivo (...), y una clara variedad periódica que responde a los sucesivos movimientos revolucionarios desde el humanismo hasta el liberalismo”.
Es de entender. Como tribunal de fuero privilegiado y con jurisdicción delegada de la Santa Sede y también del poder civil, para investigar, perseguir y definir los delitos contra la religión católica, entregando los culpables contumaces a la autoridad secular para que por ésta fuesen castigados, con arreglo a las leyes del Estado, la Inquisición dirigió el acto de “inquirir” hacia los valdenses, los espiritualistas, el judaísmo, la demonomanía, los marranos, el iluminismo, el protestantismo y la brujería. Para cualquiera de ellos se podía agregar la idolatría, la superstición, la blasfemia, etc. En la historia de la Inquisición española sus puntos de exacerbación fueron, en un principio, el protestantismo y, ya al borde de su extinción como brazo controlador, las ideas de la Ilustración.
Siempre primaron las cooperaciones virregio-inquisitoriales en Nueva España. Las institución virreinal, como suprema instancia administrativa en Ultramar, como responsable última de todo lo que ocurriera en el ámbito de su jurisdicción, como representación personal del monarca, que, por lo mismo, tenía delegadas sus atribuciones –incluyendo todas las implícitas en el derecho de Patronato sobre las Iglesias de Indias-, hubo de mantener lógicamente relaciones estrechas con el Santo Oficio, instrumento de control social, actuando ambos en un contexto en que religión y política e Iglesia y Estado iban inextricablemente unidos.

Una de las bibliotecas novohispanas que más ha excitado la curiosidad es la de sor Juana Inés de la Cruz. En contraposición al caso de Boacio, se formó en el otro extremo, en el seno de la ortodoxia y bajo las miradas vigilantes. Paz expuso una conjetura sobre su número:
“Aunque es imposible determinar su número, no hay duda de que sor Juana reunió una considerable cantidad de volúmenes. (...) Aventuro unos mil quinientos, por lo menos. Fundo mi suposición en lo siguiente: Sigüenza y Góngora dejó al morir cuatrocientos setenta volúmenes, que son pocos, pero don Carlos era pobre y, además, tenía a su disposición la Biblioteca de San Pedro y San Pablo; Irving A. Leonard, por otra parte, cita el caso de Melchor Pérez de Soto, un simple maestro de obras, que poseía mil setecientos volúmenes. Leonard agrega que las bibliotecas de las personas acomodadas eran aún más ricas. (...) Ermilo Abreu Gómez dice que “los libros que se publicaban entonces en México no eran sino, los más, folletos y manuales de poca extensión”. Olvida que la mayor parte venía de Europa, ya sea pedidos directamente por los lectores o, con mayor frecuencia, comprados y revendidos por las librerías locales.”
Hay que señalar que los libros que engrosaron la biblioteca de sor Juana eran de común acceso en Nueva España, desde un primer momento. Los estudios científicos no conocieron trabas reales, la sed de cultura literaria se facilitaba por la exención de todo impuesto o derecho sobre los libros. (En 1584 llegaron a Veracruz ciento doce cajas de libros. Cuando se inauguró en 1649 el Seminario Palafoxiano, su fundador, don Juan de Palafox y Mendoza, donó seis mil volúmenes para la Biblioteca.) Esto es indiscutible, pues en 1538 se fundó en Santo Domingo, en respuesta a una bula del Papa Pablo III, la Universidad de Santo Tomás de Aquino; en 1540 Carlos I autorizó la fundación de la Universidad de Santiago en La Paz; en 1551 México y Lima dispusieron de sendos centros intelectuales y, a continuación, Bogotá en 1580, Quito en 1586, Cuzco en 1598, Charcas en 1624, Córdoba del Tucumán y Huamanga en 1677, Guatemala en 1687, Caracas en 1725, La Habana en 1728 y Santiago de Chile en 1738. Para el caso de Nueva España el número de instituciones académicas es amplio: Colegio de Santos en 1573, Colegio de San Pedro y San Pablo en 1572, Seminarios de San Miguel, San Bernardo y San Gregorio en 1576, Colegio Carolino de Puebla en 1576, Colegio del Espíritu Santo (Puebla) en 1558, Colegio de San Ildefonso en 1572, Colegio del Cristo en 1612, Colegio de San Ramón en 1628, Seminario Palafoxiano (Puebla) en 1649, Colegio de la Compañía (Morelia) en 1660, Seminario de Oaxaca en 1673, Colegio de niñas de Santa Mónica (Puebla) en 1680, Colegio de San José y Jesús María (Puebla) en 1691, Colegio de San Juan Bautista de Guadalajara en 1699, Seminario de San Pedro (Mérida) en 1711, Colegio de los Infantes en 1725, Colegio de las Vizcaínas en 1732, Seminario de San Ildefonso (Mérida) en 1751, Colegio de San Ignacio en 1753, Colegio de la Enseñanza la Antigua en 1754, Colegio anexo a la casa de niños expósitos en 1766, Academia de San Carlos en 1783, Colegio de Minas en 1783, Universidad de Guadalajara en 1791, Colegio de las Bonitas en 1800.
A ello va en paralelo no sólo el grueso de Doctores en Teología, Doctores en cánones, Licenciados en leyes, Maestros en artes, Doctores en medicina, sino también el número de impresores que trabajaron en Nueva España durante los tres siglos que duró la dominación española: ochenta y cuatro. Estos publicaron en América 11362 obras; su número por centurias ha sido determinado por Benítez: para el siglo XVI se registran 173 libros, más 58 de “sin fecha o fecha dudosa”; para el siglo XVII se registran 1594 libros, más 244 de “sin fecha o fecha dudosa”; para el siglo XVIII se registran 6315 libros, más 575 de “sin fecha o fecha dudosa”; para el siglo XIX se registran 2523 libros, más 150 de “sin fecha o fecha dudosa”. Así mismo el primer periódico que se publicó en Nueva España conoció la luz, con el nombre de Diario de los sucesos notables, en 1648. El número de publicaciones periódicas también presenta variantes según los siglos, siendo, respectivamente, cuatro, doce y seis periódicos para las centurias XVII, XVIII y XIX.