Casi un siglo después de su establecimiento en la Península, entre 1569 y 1571, se produce el transplante de la verdadera organización inquisitorial mediante la creación de dos tribunales emplazados en Lima y en México. A la búsqueda de que la justicia fuera el principio prevaleciente en las Indias se unía la coyuntura histórica contrarreformista en la que se decidió el transplante, la apertura atlántica, el viraje dogmático registrado en los dos bandos de la escisión cristiana de Europa. Por lo que una definición palmaria del Santo Oficio en América insiste, necesariamente, en las consecuencias de la guerra ideológica y religiosa, más que en la moralidad.
“El Santo Oficio constituyó el dispositivo frente al peligro de penetración ideológica exterior acentuado con el progresivo desplazamiento del centro político de gravedad hacia el Océano, porque sin esta función de vigilancia y control asignada al Santo Oficio no se entendería luego la precisa estructura burocrática que la Inquisición adopta en Indias con la reforzada cobertura litoral que, para celar la penetración extranjera, se dio a la organización burocrática y social.”
Las palabras de Felipe II son bastante explícitas:
“Nuestros gloriosos antepasados, fieles y católicos hijos de la Santa Iglesia Católica Romana, considerando que pertenecía a nuestra dignidad real y a nuestro celo católico extender y exaltar por el mundo y por todos los medios nuestra Santa Fe, fundaron en España el Santo Oficio de la Inquisición. La Providencia divina nos otorgó la gracia del descubrimiento de las Indias occidentales, islas y tierra firme del mar océano. Mis antepasados pusieron todo su cuidado en hacer conocer al Dios verdadero, en propagar su ley evangélica, en preservarla de los errores y doctrinas falsas y sospechosas.
Como todos los que se encuentran fuera de la obediencia y de la devoción de la Santa Iglesia Católica, obstinados en sus errores y herejías, se esfuerzan siempre en separar de nuestra Santa Fe a los fieles y devotos cristianos (...) hemos creído que el verdadero remedio consistía en evitar todo contacto con los herejes y sospechosos, castigando y extirpando sus errores a fin de impedir que se haga una ofensa tan grande en esta parte del mundo a la Santa Fe y a la religión.
El inquisidor apostólico general de nuestros reinos y dominios, de acuerdo con los miembros del Consejo de la Inquisición General, y después de habernos consultado, decidió crear en estas nuevas provincias el Santo Oficio de la Inquisición.”
Los instrumentos legales que materializan la decisión de la Junta General de establecer tribunales en Ultramar, fueron de diversa naturaleza: Reales Cédulas, Instrucciones, órdenes cursadas a otros organismos de la administración virreinal, nombramientos. Las Instrucciones condicionan un modelo americano de organización y funcionamiento del Santo Oficio. Básicamente sus peculiaridades fueron 1) el control de la penetración ideológica y de la infiltración extranjera, 2) la exclusión del indio de la jurisdicción inquisitorial, 3) el carácter urbano de tal jurisdicción (pues los llamados cristianos viejos estaban emplazados en los “pueblos de españoles”), 4) la autonomía procesal (su lejanía hacía prácticamente imposible someterlos al régimen de consultas habituales de la Península), 5) la organización burocrática de la cobertura territorial del distrito sobre las pautas de la división eclesiástica y administrativa del Virreinato. Los tribunales de México y Perú tendrían un territorio jurisdiccional que coincidiría con el virreinal respectivo y sus cabeceras de distrito se situarían también en las capitales de los Virreinatos. Mientras los distritos inquisitoriales de la Península oscilaban entre cinco y seis mil kilómetros cuadrados (Mallorca y Canarias) y noventa mil kilómetros (distrito vallisoletano), la Inquisición de Nueva España abarcaba cerca de dos millones de kilómetros cuadrados y a la Inquisición de Lima se le asignaba casi tres millones de kilómetros cuadrados, comprendiendo las actuales repúblicas de Panamá, Colombia, Venezuela, Ecuador, Perú, Bolivia, Chile, Argentina, Uruguay y Paraguay. La cobertura del espacio jurisdiccional se haría con los clásicos comisarios y familiares. Se ubicaron en las capitales de Audiencias y en las sedes episcopales, además se acordó situarlos en cada puerto de mar “y en estos casos se requería que fuera ‘religioso’ y ‘letrado’, cualificaciones especiales que se explican por la importante misión de hacer la ‘visita de navíos’”, es decir, la inspección del pasaje y el control de la importación de libros e imágenes. Se trataba de un verdadero cordón litoral, asegurado por la estructura burocrática.