Ciertamente había un control sobre la cultura por parte de la Iglesia y del Estado, pero, como señala Paz para la poesía novohispana, se bifurca entre la corriente culta y la popular o tradicional, más una tercera corriente: aquella que tenía que ver con lo edificante y que estaba al servicio de la evangelización. Existió una cultura amparada por la ortodoxia o, al menos, no perseguida por ésta; también existió una cultura que, se diría, entraba en el campo de lo subrepticio, y que era el objeto a controlar por, sobre todo, la mencionada “visita de navíos”.
No se puede negar que la existencia de súbditos no peninsulares en Nueva España llevó a los inquisidores apostólicos a examinar y mantener la ortodoxia en la colonia, hecho que resultó más agudo en los primeros momentos, cuando se encontraban dentro del marco ideológico de la Contrarreforma. Los obispos del Virreinato de Nueva España y los prelados monásticos se esforzaron sobremanera por combatir las nuevas ideas religiosas, a las que se les dio el término genérico de luteranas. Para el clero, lo luterano no implicaba únicamente actos y creencias propias del luteranismo; lo luterano, lo protestante, se identificaba con los extranjeros católicos, las más de las veces considerados bajo sospecha en Nueva España.
Famoso es el juicio por luteranismo, en la segunda mitad del siglo XVI, seguido contra Agustín Boacio, comerciante y tendero originario de Génova. La denuncia comenzó con un informe sobre ciertas observaciones que Boacio había hecho en público; entre las que destacaban que no existían bases en las Escrituras para el concepto del purgatorio, que tampoco existían dos almas idénticas, por lo que resultaba imposible para un alma heredar las culpas de otra –cuestionaba el pecado original. Aparte de los testigos, lo que terminó de llevar a Boacio a un proceso que duraría más de dos años fue un libro, escrito en toscano, que leía constantemente. Cuando comenzaron los interrogatorios de la Inquisición “afirmó que tenía 28 años de edad y que había nacido en Génova, de padres cristianos. Se había marchado de ésta ciudad a España (...), y en Cádiz contrajo nupcias (...). Había llegado a Nueva España un año antes (...). El interrogatorio reveló que el libro herético (...) era una obra sobre Savonarola. Boacio declaró que había comprado el libro a un marino moro porque estaba escrito en toscano, el dialecto nativo de Génova. El acusado había leído el libro (...) y dijo que no encontró nada malo en éste.”
Cuando a Boacio se le preguntó si había llegado a discutir “sus” ideas con personas residenciadas en Zacatecas nombró a varios amigos. También llegó a describir los temas de conversación: “La confesión debería ser un contacto mental, personal, entre el individuo y Dios; negación de la existencia del purgatorio; el papa no tenía poder para excomulgar o para absolver a los que pecaban; la invocación a los santos es una provocación teológica insostenible”.
Boacio fue impelido a la abjuración, que realizó.