Ahora bien, a esta realidad se une otra, la de los distintos Boacios. Que la Inquisición ha intervenido en el desarrollo de la producción libresca es evidente. Bastaría para probarlo citar uno de los mecanismos de control típicamente inquisitorial: el Índice. Para el arte novohispano este producto de control es de suma importancia, pues, contrario a lo que se piensa, los Índices inquisitoriales no fueron absolutamente literarios. Comportaban obras religiosas, que contenían, como es de suponer, estampas. El primer Índice en castellano, el de 1551, no tiene ninguna pertinencia literaria: cuenta con la reproducción del Índice del año anterior –el de Lovaina, escrito en latín- y de la bula Extravagans, de Julio II, sobre la posesión y lectura de libros prohibidos, y contiene un catálogo de libros recientemente aprobado por los inquisidores de Toledo.
Las obras que comenzaron a formar parte de estos catálogos fueron, por ejemplo, Diálogo de doctrina christiana de Juan de Valdés, Diálogo de Mercurio y Carón de Alfonso de Valdés, Coloquios de Erasmo, El confessionario o manera de confessar de Erasmo, Tratado de libertad cristiana de Lutero, Comentarios al Génesis, La Revelación de San Pablo, La Biblia en romance.
Los Índices son guías en un proceso ininterrumpido de censura. Los períodos de publicación de los Índices inquisitoriales españoles entre 1551 y 1790, primero y último, oscilan entre ocho y cuarenta y siete años. Pero la actividad del Índice es permanente, por lo que a veces llegaron a publicarse suplementos. En total se han publicado once Índices inquisitoriales españoles, conocidos por los nombres de los inquisidores generales bajo cuyo gobierno se promulgaron, permitiendo afirmaciones como la de Marquez, quien sostiene que “los períodos históricos responden no a modas estilísticas, sino al tipo de ideología predominante que la Inquisición persigue en un momento determinado”, por lo que “la Inquisición adquiere así una unidad histórica intelegible, como organismo invariablemente represivo (...), y una clara variedad periódica que responde a los sucesivos movimientos revolucionarios desde el humanismo hasta el liberalismo”.
Es de entender. Como tribunal de fuero privilegiado y con jurisdicción delegada de la Santa Sede y también del poder civil, para investigar, perseguir y definir los delitos contra la religión católica, entregando los culpables contumaces a la autoridad secular para que por ésta fuesen castigados, con arreglo a las leyes del Estado, la Inquisición dirigió el acto de “inquirir” hacia los valdenses, los espiritualistas, el judaísmo, la demonomanía, los marranos, el iluminismo, el protestantismo y la brujería. Para cualquiera de ellos se podía agregar la idolatría, la superstición, la blasfemia, etc. En la historia de la Inquisición española sus puntos de exacerbación fueron, en un principio, el protestantismo y, ya al borde de su extinción como brazo controlador, las ideas de la Ilustración.
Siempre primaron las cooperaciones virregio-inquisitoriales en Nueva España. Las institución virreinal, como suprema instancia administrativa en Ultramar, como responsable última de todo lo que ocurriera en el ámbito de su jurisdicción, como representación personal del monarca, que, por lo mismo, tenía delegadas sus atribuciones –incluyendo todas las implícitas en el derecho de Patronato sobre las Iglesias de Indias-, hubo de mantener lógicamente relaciones estrechas con el Santo Oficio, instrumento de control social, actuando ambos en un contexto en que religión y política e Iglesia y Estado iban inextricablemente unidos.