Se sabe que el general chileno Manuel Contreras, jefe de la DINA, concibió y organizó la Operación Cóndor, la cual tuvo por tarea la recolección, el intercambio y el almacenamiento de datos de inteligencia relacionados con los activistas de izquierda. Contreras estuvo en Argentina, Bolivia, Paraguay, Venezuela y Estados Unidos, siempre exponiendo un proyecto represivo supranacional, intentando convencer a los jefes de los servicios secretos de estos países sobre la importancia de la coordinación y cooperación para el más loable de los propósitos: defender la sociedad. ¿El enemigo? No otro que el comunismo.
El general Contreras sostuvo desde 1974 varias entrevistas con el general Ramón Camps, Jefe de la Policía de Buenos Aires, y con el general Iberico Saint Jeant, Interventor de la Provincia de Buenos Aires, quien, en la época de la dictadura militar, enfatizó: “Primero mataremos a todos los subversivos, luego mataremos a sus colaboradores, luego a sus simpatizantes, luego a quienes permanezcan indiferentes y, por último, a los indecisos”.
En agosto de 1975, en su esfuerzo para concretar la Red Cóndor, Contreras se entrevistó en Washington D.C. con Vernon Walters, director adjunto de la Agencia Central de Inteligencia, CIA. En Venezuela se reunió con Rafael Rivas Velásquez, director del Servicio de Inteligencia venezolano. En Paraguay habló con los generales Benito Guanes Serrano, jefe de Inteligencia del Estado Mayor, y Francisco Brites, Jefe de la Policía de la República.
En este marco de complicidades se concretaron acuerdos amplios entre los servicios secretos de Argentina, Bolivia, Chile, Paraguay y Uruguay, animando también la posible participación de Brasil y Perú. El campo de acción fue fijado entre los límites de todos los países miembros del acuerdo, estableciéndose facilidades para el desplazamiento clandestino de agentes de estos países, y la ejecución de operaciones represivas conjuntas. Además se aprobó la formación de equipos especiales para viajar a cualquier parte del mundo, con el objetivo de eliminar a políticos opositores, subversivos o colaboradores de los grupos de izquierda.
Aún antes del golpe de estado en Argentina, sucedido en marzo de 1976, ya se habían logrado acuerdos entre los servicios secretos de ese país y de Chile para el intercambio de información y la captura de militantes izquierdistas chilenos. Tal cooperación se perfeccionó con la Operación Cóndor. Numerosos militantes y simpatizantes de izquierda, chilenos, uruguayos, paraguayos, brasileños y bolivianos, establecidos temporalmente en Argentina, fueron capturados en ese territorio así como en Paraguay, por agentes policiales de sus respectivos países.
Quienes más persecución sufrieron en Argentina fueron principalmente los líderes y militantes del MIR chileno. Igualmente los grupos de derechos humanos han documentado casos de represión policial contra ciudadanos alemanes, españoles, judíos y peruanos, entre otros que figuran entre los miles de desaparecidos. Los servicios secretos de Chile y Paraguay tuvieron a su disposición las líneas aéreas estatales LAN CHILE y Líneas Aéreas Paraguayas.
También encubrieron sus actividades con empresas comerciales e industriales "fantasmas". En Chile se crearon treinta empresas ficticias al servicio de la DINA y un centro de operaciones formal: la Empresa Pesquera Chile. La incursión en el mundo empresarial y financiero sentaría las bases para crear mecanismos de protección de los agentes secretos.
El 22 de diciembre de 1992, el Juez José Agustín Fernández descubrió casualmente el archivo secreto de la inteligencia represiva paraguaya en una oficina de la Sección Política y Afines de la Policía de Investigaciones de Asunción, mientras investigaba el caso de Martín Almada, un profesor que había sido detenido y torturado en Asunción. "Yo llevaba el proceso de una persona que había sido detenida y torturada entre 1974 y 1977. En ese caso él (Martín Almada) había solicitado sus antecedentes policiales por lo que procedimos a investigar en qué cuartel policial se encontraban" declaró el Juez Fernández. "El jefe de la policía de investigaciones nos dijo que estos archivos y antecedentes habían desaparecido durante el golpe de estado de febrero de 1989. No quedamos contentos con esa respuesta", agregó.
Fernández explicó que Martín Almada, investigó dentro de los círculos policiales y consiguió una información confidencial que le confirmó la existencia de los archivos. Entonces y de manera reservada se dirigieron a un lugar indicado donde descubrieron lo que el periodismo paraguayo bautizó como "Los archivos del terror". "Cuando lo descubrimos era tanta la cantidad de documentos que era imposible dejarlos a disposición de la policía porque podrían destruirlos, quemarlos. Así que con la ayuda de un camión del Diario Noticias de Asunción los llevamos a mi despacho, y luego a un depósito del Palacio de Justicia", declaró el Juez.
En los archivos abundan documentos relacionados a casos de detenidos y desaparecidos paraguayos que el gobierno siempre había negado tenerlos bajo su poder, por lo cual el Juez Fernández sostuvo:" Hay testimonios de que en Paraguay hubo tortura, encarcelamiento de activistas políticos, un estilo de vida, un sistema de control sistemático de mucha gente".
Este archivo de los servicios de seguridad de Paraguay incluye también numerosos documentos relacionados a la Operación Cóndor. La documentación hallada ha confirmado que en el marco de esta cooperación internacional se cometieron los asesinatos del ex ministro chileno Orlando Letelier, del ex presidente de Bolivia, general Juan José Torres, asesinado en Argentina, de los legisladores uruguayos Zelmar Michelini y Héctor Gutiérrez Ruiz, del doctor Agustín Goyburú, dirigente del Movimiento Popular Colorado de Paraguay, y de cientos de activistas políticos chilenos, argentinos, paraguayos, y brasileños.
Se ha encontrado correspondencia de la policía de la región, registros y hojas de entrega de detenidos, fichas, fotografías y pasaportes de activistas de izquierda argentinos, chilenos, paraguayos y brasileños; planes de eliminación de sospechosos, reportes de desplazamientos de subversivos por el cono sur, análisis de las actividades de las Organizaciones No Gubernamentales de Desarrollo, ONGs de Paraguay, así como informes detallados dirigidos al general Stroessner sobre asesinatos de sus opositores políticos.
También hay allí documentación que facilitó la estadía en Paraguay de mercenarios croatas, italianos, cubanos, chilenos, entre otros, y sobre la presencia de los criminales nazis en el cono sur de América, así como sobre el asesinato de agentes israelíes que los perseguían, las conexiones de los servicios secretos con la CIA norteamericana y el narcotráfico. Hay suficientes e irrebatibles pruebas de que se practicó el terrorismo de estado a escala internacional. La documentación hallada y los testimonios de varios de los agentes implicados, demuestra la complicidad de la policía y el gobierno de Paraguay con la brutal represión ejercida por las dictaduras de Argentina y Chile, así como con la de Brasil y Bolivia. También demuestra como el general Augusto Pinochet amparó la práctica del terrorismo de estado dentro y fuera de su país. Hay evidencia de que tanto Pinochet como Stroessner dedicaron especial atención al fortalecimiento y la coordinación de sus servicios de seguridad, objetivo para el cual se reunieron en diversas oportunidades.