Ya durante el gobierno de Ariel Sharon, mediante la Operación Muro Defensivo, tuvo lugar una reocupación de Cisjordania en la que las ciudades de Jenin y Nablus fueron especialmente castigadas y se puso cerco a Arafat en la Mukata en Ramala. A partir de entonces la destrucción de viviendas con personas dentro, el bloqueo de ayuda médica o el uso de palestinos civiles como escudos humanos se convirtieron en prácticas habituales. El Informe de Amnistía Internacional sobre la operación Muro Defensivo pone de manifiesto la extrema vulneración de los derechos humanos
El 29 de marzo de 2002, las Fuerzas de Defensa israelíes emprendieron una nueva ofensiva, llamada Operación Muro Defensivo, contra las poblaciones palestinas. Inició con un ataque contra el cuartel general de Yasser Arafat en Ramala. Seguidamente las Fuerzas de Defensa entraron en Belén, Tulkarem y Qalqilya, el 1 de abril, y en Jenín y Nablus, el 3 y 4 de abril; declararon esas zonas áreas militares cerradas y prohibieron el acceso del mundo exterior, incluidos los servicios de ayuda médica y humanitaria. La población de Jenín permaneció aislada entre los días 4 y 5 de abril; el casco antiguo de Nablus, del 3 al 22 de abril. Las Fuerzas de Defensa cortaron el suministro de agua y electricidad de las mayoría de las zonas, imponiendo toques de queda a los residentes de las ciudades.
Desde el primer día no se pudieron enterrar los cadáveres de las víctimas ni se pudo dispensar atención médica a los heridos en Jenín y Nablus. Los cadáveres permanecían en las calles debido a que los residentes que se atrevían a salir para asistir a los heridos o recoger a los muertos se convertían en blancos de los disparos de las Fuerzas de Defensa. Los tanques, a su paso por las calles estrechas, demolían implacablemente los muros externos de las casas, causando destrozos en gran parte arbitrarios e innecesarios. En el curso de una operación a gran escala, las Fuerzas de Defensa demolieron con explosivos y apisonaron con máquinas excavadoras una amplia zona residencial del campo de refugiados de Jenin; ello, arbitrariamente, pues ya habían cesado los enfrentamientos.
Estos últimos sucesos se narran en la película "Jenin Jenin", prohibida no sólo en Israel, donde se ha censurado su exhibición comercial, sino también en la cadena franco-alemana ARTE, donde por presiones del lobby proisraelí francés se obligó a suspender su emisión programada. En ella el conocido actor palestino-ísraelí Muhammad Barakha habla con los habitantes de Jenin poco después de la incursión y reconstruye los hechos en las ruinas del campo de refugiados, convertido en una gran explanada tras el ataque.